- Po atakach z 11 września z gry usunięta została tylko jedna misja nawiązująca do terrorystów. Zmienionych zostało też kilka linii dialogowych przechodniów i w radio. "Przemalowano" również radiowozy. Największą zmianą była okładka gry przeznaczona na rynek amerykański, która początkowo była identyczna z edycją europejską.

- Tzw. Ghost Town jest częścią Liberty City, ale zostało stworzone tylko na potrzeby cutscenki otwierającej grę. Zostało ukryte w miejscu normalnie niedostępnym dla gracza i... tak miało już być. Niemniej Rockstar podziwia pracę autorów modyfikacji pozwalających na dotarcie do tej części mapy :)

- Samolot Dodo nigdy nie latał. Nie jest prawdą, że pozbawiono go tej możliwości po wydarzeniach z 11 września.

- Tunele znajdujące się w górnej części Shoreside Vale nigdy nigdzie nie prowadziły. Były jednym z pierwszych pomysłów na sprawienie wrażenia, że Liberty City jest częścią czegoś większego. Po drugiej stronie wzgórza nigdy niczego nie było.

- Na pewnym etapie produkcji gry pojawił się pomysł dodania trybu multiplayer. Stąd np. ukryte elementy w głównym menu gry. Zapadła jednak decyzja o porzuceniu tej drogi. Uznano, że tryb ten nie byłby tak dobry jak chcieli twórcy. Zamiast tego cały sztab ludzi, którzy musieliby pracować nad multiplayerem w GTA III oddelegowano do prac nad... GTA: Vice City.